一、手术后患者可能后悔而产生的问题。
当患者改变自己的性别，摆脱对自身性别的厌恶之后，面临的是新的心理煎熬，因为他们必须重新确定自己的角色，从新去适应整个社会。这对于患者来说是一个巨大的挑战。美国第一位变性人的自传小说《变性人》中的一段叙述是耐人回味的：“不是亲身经历过变性的人，决不会理解到一个男性女性兼备的，并且阴阳倒置的人身体上所受的煎熬。被这种什么都具备又什么都不明确的两性禁锢的人，身体上和精神上所遭受的是无止境的非难和屏弃，以至由此产生的绝望。”国外医学统计资料显示70%——80%以上的变性人手术后心理并未改变，出现精神分裂等不适应症，由此患者对手术的心理期望值与手术的实际效果之间的差距可能引发当事人的后悔。当事人对变性手术后的社会角色与社会认同艰难的适应过程中，当不能顺利担当新的社会角色时也会引起当事人的后悔。当患者一旦后悔，对手术不满意，很可能将医院告上法庭。医疗机构则必须承担手术决策程序合法、操作无误等一系列的证明责任。这对医院来说难度是极大的。尤其再现在对这方面的标准法律还没有作出明确的规定。这无论对医院还是对患者都必须要去面对的一个问题。

二、变性手术后的对原有社会关系的变更和重新定位。
性别是社会角色的基础之一，尤其在中国这个充满伦理道德色彩的文化中。因此，性别的改变必将涉及到一系列的社会亲属关系的变动。以婚的变性，突然从为人妻变为为人夫，或有兄弟变姊妹，还涉及到原配能否接受。尤其对于已有子女的以婚患者。子女将与女性爸爸或男性妈妈交往，即使理想化地想象社会公众均以平静、宽容、理解的态度对待此事，在孩子的内心深处也难以平静。这对孩子的身心健康肯定会带来不利的影响的。未婚者进行变性手术也会涉及到父母、兄弟姐妹们的认同。否则在法律和伦理上将产生一系列的社会问题。作为夫妻可以用离婚的方式解决变性手术后的夫妻关系。但血缘关系却不可能以解除来解决。对孩子造成的影响，更不是轻易能够解决的。
三、变性手术对摘除人体器官的争议。
人体器官的健康完整由国家的法律予以保护，当事人和医生都无权去无端处置。而变性手术摘除的恰恰是人体健康的器官。并且是在没有任何病变的时候被人为地摘除，这种做法无疑是对健康器官的残害。即使摘除患者的器官事先得到患者的同意，但是患者处于弱势，是被动的消极的，而医生的决策是主动的，积极的。因此患者的同意并不能排除医生残害器官错误决策的法律责任。特别是患者手术后将医院告上法庭，医院则处于有口难辩的状态。但对于这一问题，有些国家则存在不同的看法。一些比较开明的法官还是表示赞同实施这种医生和患者双方都同意的治疗方案。似乎也渐渐被更多的国家所认可。